Grupo de Epigenética & Biologia do Cancro

O GEBC foi estabelecido em 2008 e integra investigadores pré- e pós-doutorados, com formação académica diversa, incluindo Biólogos, Bioquímicos, licenciados em Anatomia Patológica, Citológica e Tanatológica e Médicos de várias especialidades, incluindo Patologistas, Urologistas, Ginecologistas, Radiologistas, Hemato-oncologistas e Oncologistas.

No contexto da Oncologia de Precisão, estamos a desenvolver vários projetos de investigação translacional em biologia do cancro centrados nos pacientes e com foco na biologia dos tumores, biopatologia, epigenética, epitranscriptómica, metabolismo tumoral e imunologia.

COORDENADOR CIENTÍFICO

Carmen Jerónimo, PhD
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0003-4186-5345/ CE16-29CB-EDD1
Investigadora Auxiliar
Coordenadora da TL2 – Cancro / CI-IPOP@RISE
Coordenadora Científica do Banco de Tumores – Serviço de Anatomia Patológica
E-mail: carmenjeronimo@ipoporto.min-saude.pt/ cljeronimo@icbas.up.pt

EQUIPA
Investigadores Sénior

Rui Henrique, MD, PhD
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0003-3171-4666/ 641F-FE09-15E6
Investigador Sénior
Assistente graduado de Anatomia Patológica e Diretor, Serviço de Anatomia Patológica
Professor Catedrático Convidado do ICBAS-UP
E-mail: henrique@ipoporto.min-saude.pt/ rmhenrique@icbas.up.pt

Margareta P. Correia, PhD
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0003-4378-0820/ CB11-3261-9D4F
Investigadora Auxiliar
Líder do tópico de investigação: Onco-Imuno-Epigenética
Docente no Mestrado em Oncologia no ICBAS-UP & Mestrado em Medicina Molecular e Oncologia na FMUP
Professora Adjunta Convidada na ESS.IPP
E-mail: margareta.correia@ipoporto.min-saude.pt

Investigadores Júnior

Carla Bartosch, MD, PhD
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0003-0646-7667/ 881F-BDAC-46FE
Assistente graduada de Anatomia Patológica, Serviço de Anatomia Patológica
Líder do tópico de investigação: Tumores Ginecológicos
Docente em Patologia, Mestrado Integrado em Medicina no ICBAS-UP
E-mail: carla.bartosch@ipoporto.min-saude.pt

João Lobo, MD, PhD
Assistente de Anatomia Patológica no IPO Porto
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0001-6829-1391/ 8A14-8221-1CBF
Líder do tópico de investigação: Tumores do Testículo
Docente em Patologia, Mestrado Integrado em Medicina no ICBAS-UP & Docente em Biopatologia, Mestrado Integrado em Medicina Dentária na FMDUP
E-mail: jpedro.lobo@ipoporto.min-saude.pt

Nair Lopes, PhD
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0003-4732-7361/ F81A-8E25-17DD
E-mail: nair.ribeiro.lopes@ipoporto.min-saude.pt

Vera Miranda-Gonçalves, PhD
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0002-4231-5532/ 8E1B-B722-284F
Docente no Mestrado em Oncologia no ICBAS-UP & Mestrado em Medicina Molecular e Oncologia na FMUP
E-mail: vera.miranda.goncalves@ipoporto.min-saude.pt

Investigadores Convidados

Óscar Rapado González, PhD
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0001-8419-7004/ C019-EAAE-BBB8
Investigador de Pós-Doutoramento- Instituto de Investigación Sanitaria de Santiago de Compostela (IDIS), Santiago de Compostela, Espanha
E-mail: oscar.gonzalez@ipoporto.min-saude.pt

Sara Monteiro-Reis, PhD
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0002-2193-2793/ 3014-05F4-935F
Investigadora Júnior na Unidade de Biomecânica e Saúde – INEGI
Docente no Mestrado em Oncologia no ICBAS-UP & Mestrado em Medicina Molecular e Oncologia na FMUP
E-mail: sara.raquel.reis@ipoporto.min-saude.pt; sreis@inegi.up.pt

Sofia Salta, PhD
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0002-6707-1263/ 6119-2B18-6A26;
E-mail: sofia.salta@ipoporto.min-saude.pt

Estudantes de Doutoramento

Com Financiamento Externo

Orientação 
Ana Teixeira-Marques, MSc (em colaboração com i3S/ Biomedical Research Institute I+12, University Hospital “12 de Octubre”, Spain; FCT2023.01232.BD);
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0003-1396-3466/ 601F-802B-922D;
E-mail: ana.t.marques@ipoporto.min-saude.pt

Catarina Guimarães-Teixeira, MSc (FCT – DFA/BD/6038/2020);
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0003-2212-3872/ CE1E-8E02-5ADB;
E-mail: catarina.guimaraes.teixeira@ipoporto.min-saude.pt

Catarina Lourenço, MSc (em colaboração com i3S; FCT2021.06731.BD);
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0003-0644-0202/ 9A1E-2DE0-A004;
E-mail: i37296@ipoporto.min-saude.pt

Filipa Domingues dos Reis, MSc (em colaboração com Leiden University Medical Center, Países Baixos; FCT UI/BD/154816/2023);
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0001-9897-5612/ C014-A6CE-0341;
E-mail: filipa.reis@ipoporto.min-saude.pt

Filipa Moreira Silva, MSc (em colaboração com Bern University Hospital, Berna, Suíça; FCT 2023.00300.BD);
ORCID ID: 0000-0002-7272-7300/ 7019-D06D-3E3F;
E-mail: filipa.m.silva@ipoporto.min-saude.pt

Íris da Rocha Carriço, MSc (em colaboração com GFMRPR; FCT UI/BD/154815/2023);
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0002-4977-8273/ 3617-1D5C-EE2D;
E-mail: iris.carrico@ipoporto.min-saude.pt

José Pedro Sequeira, MSc (em colaboração com IDIS, Santiago de Compostela, Espanha; FCT2022.11060.BD);
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0002-4687-3347/ FE1E-E1CF-6983;
E-mail: jose.leite.sequeira@ipoporto.min-saude.pt

Nuno Tiago Tavares, MSc (em colaboração com University of California, San Diego, EUA; FCT2022.09566.BD);
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0001-8426-1838/ 2718-0ED1-9F74;
E-mail: i38161@ipoporto.min-saude.pt

Vera Constâncio, MSc (em colaboração com Fundação Champalimaud / Beatson Institute, Glasgow, Escócia; LCF/BQ/DR20/11790013);
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0002-3151-0367/ 3116-280A-8462;
E-mail: vera.salvado.constancio@ipoporto.min-saude.pt

Co-Orientação
Diana Montezuma, MD (INESC TEC);
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0001-9551-4589/ 8614-D72D-4861;
E-mail: diana.m.felizardo@ipoporto.min-saude.pt

Mariana Carvalho, MSc (INEGI; FCT2022.09480.BD);
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0001-8620-9718/ 7713-CE2C-47D2;
E-mail: mariana.carvalho@ipoporto.min-saude.pt

Maria Miguel Castro, MSc (i3S; FCT2020.07439.BD);
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0001-5016-2567/ F41B-905E-E21F;
E-mail: mcastro@i3s.up.pt

Mónica Cerqueira, MSc (ICVS; FCT2022.10233.BD);
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0002-8167-4140/ 7D1C-C417-CF6A;
E-mail: monica.cerqueira@ipoporto.min-saude.pt

Rita Canário, MD (i3S; FCTPD/BD/128001/2016);
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0002-3563-7752/ 4D16-8D65-7129;
E-mail: rita.canario@ipatimup.pt

Sanjana Vig, MSc (REQUIMTE;H2020 MSCA-GA ID: 861138);
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0001-7939-6500/ 911E-5E8D-888C;
E-mail: sanjana@fmd.up.pt

Staff IPO Porto

Ana Fernandes Rodrigues, MD;
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0003-2955-055/ 371A-3A6B-696F;
E-mail: ana.fernandes.rodrigues@ipoporto.min-saude.pt

Carlos Ochoa Leite, MD;
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0003-0489-9677/ 7B14-471C-19A5;
E-mail: carlos.ochoa.leite@ipoporto.min-saude.pt

Carina Carvalho-Maia, MSc;
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0002-7011-8341/ B116-C629-89AC;
E-mail: i13035@ipoporto.min-saude.pt

Isaac Braga, MD (em colaboração com CHUP);
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0001-9265-4324/ A31B-745C-57EA;
E-mail: isaac.braga@ipoporto.min-saude.pt

João Carvalho, MD;
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0001-8564-2050/ B318-599E-9623;
E-mail: joao.m.carvalho@ipoporto.min-saude.pt

Lígia Gonçalves, MD;
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0002-5864-8526/ 0D10-301A-79F6;
E-mail: ligiagoncalves@ipoporto.min-saude.pt 

Mónica Pires, MD (CINTESIS@RISE);
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0003-2238-5135/ 451E-BFE8-40BF;
E-mail: monica.pires@ipoporto.min-saude.pt

Rui Freitas, MD;
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0002-4448-6458/ F01F-89CB-26E6;
E-mail: antoniofreitas@ipoporto.min-saude.pt

Rui Silva-Santos, MSc; Técnico de Anatomia Patológica
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0002-6392-1785/ 0E14-7605-B96D;
E-mail: rui.silva.santos@ipoporto.min-saude.pt

Sérgio Chacim, MD;
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0002-6316-8789/ A317-C226-0F98;
E-mail: sergio.chacim@ipoporto.min-saude.pt 

Sofia Paulino, MSc; Técnica de Anatomia Patológica
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0003-1244-4066/ C31D-B4FF-D098
E-mail: sofia.paulino@ipoporto.min-saude.pt

Técnicos Superiores/Assistentes de Investigação

Ângela Albuquerque-Castro, MSc (LPCC-NRN2024);
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0003-2199-3534/ 921F-34E0-2BEE;
E-mail: angela.castro@ipoporto.min-saude.pt

Cláudia Martins-Lima, PhD (UCIPredict; TRANSCAN3/0001/2021);
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0003-3720-400x/ 8F1D-900A-58F8;
E-mail: claudia.martins.lima@ipoporto.min-saude.pt

Mariana Silva-Ferreira, MSc (PTDC/EME-APL/1342/2020);
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0002-5896-051X/ 521F-556D-5E8E;
E-mail: mariana.ferreira@ipoporto.min-saude.pt

Estudantes de Mestrado

Bárbara Amorim Fernandes, BSc;
ORCID ID/ Ciência ID: 0009-0001-1229-7118/ 9616-BB80-5E6B;
E-mail: barbara.fernandes@ipoporto.min-saude.pt

Diana Inês Machado, BSc;
ORCID ID/ Ciência ID: 0009-0006-4466-533X/ 7A12-0002-3E48;
E-mail: diana.machado@ipoporto.min-saude.pt

Fernanda Fernandes-Pontes, BSc;
ORCID ID/ Ciência ID: 0009-0007-3931-0443/ 1C19-894E-FD30;
E-mail: fernanda.pontes@ipoporto.min-saude.pt

Mariana Cantante, BSc;
ORCID ID/ Ciência ID: 0009-0009-0221-4006/ 931E-836A-842F;
E-mail: mferreira@ipoporto.min-saude.pt

Mariana Lima-Costa, BSc;
ORCID ID/ Ciência ID: 0009-0001-3257-3693/ 261D-7564-4CD4;
E-mail: mariana.l.costa@ipoporto.min-saude.pt

Marta Rodrigues, BSc;
ORCID ID/ Ciência ID: 0009-0009-1444-102X/ 271C-2BE4-CAA2;
E-mail: marta.l.rodrigues@ipoporto.min-saude.pt

Patrícia Ferreira-Torre, BSc;
ORCID ID/ Ciência ID: 0009-0003-7143-4543/ 2517-866A-C5B6;
E-mail: patricia.torre@ipoporto.min-saude.pt

Rúben Oliveira-Sousa, BSc (em colaboração com GFMRPR)
ORCID ID/ Ciência ID: 0000-0002-0776-5212/ 2310-F2F9-4178;
E-mail: ruben.d.sousa@ipoporto.min-saude.pt

Rui Ribeiro-Pereira, BSc;
ORCID ID/ Ciência ID: 0009-0009-4191-9797/ 3218-FC13-315D;
E-mail: rui.pereira@ipoporto.min-saude.pt

Outros colaboradores

Ana Isabel Varelas, MSc; Assistente de Anatomia Patológica
Ana Luísa Cunha, MD; Assistente graduada de Anatomia Patológica
Ana T Martins, MSc; Téc. Superior de Diagnóstico e Terapêutica-Anatomia Patológica
Andreia Coutada, MSc; Interna de Anatomia Patológica
Ângelo Rodrigues, MD; Assistente graduado de Anatomia Patológica
Carla Renata Dias, MD; Assistente graduada de Anatomia Patológica
Davide Gigliano, MD; Assistente de Anatomia Patológica
Fernanda Silva, BSc; Téc. Superior de Diagnóstico e Terapêutica-Anatomia Patológica
Isa Carneiro, MSc; Téc. Superior de Diagnóstico e Terapêutica-Anatomia Patológica
Jorge Torres-Ferreira, MSc; Téc. Superior de Diagnóstico e Terapêutica-Anatomia Patológica
Júlia Azevedo, MD; Interna de Anatomia Patológica
Leonardo Moço, MD; Interno de Hematologia Clínica
Maria Alzamora; MD; Interna de Anatomia Patológica
Nuno Coimbra, MD; Assistente graduado de Anatomia Patológica
Paula Dias, BSc; Téc. Superior de Diagnóstico e Terapêutica-Anatomia Patológica
Paula Lopes, BSc; Téc. Superior de Diagnóstico e Terapêutica-Anatomia Patológica
Paula Monteiro, MD; Assistente graduada de Anatomia Patológica
Renata Vieira, BSc; Téc. Superior de Diagnóstico e Terapêutica-Anatomia Patológica
Rita Guimarães, MSc; Téc. Superior de Diagnóstico e Terapêutica-Anatomia Patológica
Sara Cardoso MSc; Téc. Superior de Diagnóstico e Terapêutica-Análises Clínicas
Sérgio Lopes, PhD; Téc. Superior de Saúde (Terapia Celular)
Tiago Ramos, MD; Assistente de Radio-oncologia
Verónica Ferreira, BSc; Téc. Superior de Diagnóstico e Terapêutica-Anatomia Patológica

Objetivo

O objetivo principal do nosso grupo é descrever em profundidade mecanismos de epigenética/epitranscriptómica envolvidos na carcinogénese, que possam ser utilizados como ferramentas clínicas para a detecção precoce, diagnóstico, prognóstico, e predição à terapia. A investigação de mecanismos e funções de fármacos de modulação epigenética (epi-fármacos) é outro objectivo importante. Para além disso, devido à relevância que a imuno-oncologia tem vindo a demonstrar em anos recentes, estamos também a explorar a modulação epigenética de biomoléculas envolvidas em respostas imunes, com o objectivo de melhorar estratégias imunoterapêuticas.

PROJETOS COM FINANCIAMENTO EXTERNO

Internacionais
MindGaP – “Bridging the gap between Mind, Brain and Body: Exosome role and monitoring”– EM COLABORAÇÃO com a UCoimbra, Escola de Engenharia do IPP e universidades europeias (LINU, VTT e UOULU); Agência Financiadora: H2020-FETOPEN, Orçamento: 799K€ (2019-2023) (PI: Prof. Rui Henrique; Co-PI: Prof. Carmen Jerónimo). Em colaboração com o Serviço de Psico-oncologia e a Clínica da Mama.

O projecto MindGAP procura indicadores sensíveis de saúde em exossomas que circulam no corpo e que podem sofrer alterações em contexto de doença. Para esse fim, é explorada a possibilidade de utilizar a meditação MINDFULNESS enquanto ferramenta relacionada com a mente para controlar a carga de exossomas. Se a meditação for bem-sucedida na alteração do comportamento e atitudes de muitas pessoas, isso significa que a carga de exossomas pode ser alterada durante este processo. O conhecimento obtido tem por objectivo abrir portas a um dispositivo inovador que possa ser utilizado por todos para compreender o seu estado de saúde.

Publicações

Monteiro-Reis S, Carvalho-Maia C, Bart G, Vainio SJ, Pedro J, Silva ER, Sales G, Henrique R, Jerónimo C. Secreted Extracellular Vesicle Molecular Cargo as a Novel Liquid Biopsy Diagnostics of Central Nervous System Diseases. Int J Mol Sci. 22(6):3267, 2021. doi: 10.3390/ijms22063267.

Pedro J, Monteiro-Reis S, Carvalho-Maia C, Henrique R, Jerónimo C, Silva ER. Evidence of psychological and biological effects of structured Mindfulness-Based Interventions for cancer patients and survivors: A meta-review. Psychooncology. 30(11):1836-1848, 2021. doi: 10.1002/pon.5771.

Pereira DR, Silva ER, Carvalho-Maia C, Monteiro-Reis S, Lourenço C, Calisto R, Teixeira RJ, Carlson LE, Bart G, Vainio SJ, Sales MGF, Jerónimo C, Henrique R. The modulatory role of internet-supported mindfulness-based cognitive therapy on extracellular vesicles and psychological distress in people who have had cancer: a protocol for a two-armed randomized controlled study. Trials. 23(1):118, 2022. doi: 10.1186/s13063-022-06045-x.

UCIPredict – “UCIPredict: Circulating tumour microenvironment components as Urothelial Cancer Immunotherapy Response Predictors” EM COLABORAÇÃO com CIEMAT (Espanha); Agência financiadora: TRANSCAN-3, ERA-NET: colaboração sustentada de programas nacionais e regionais para investigação em cancro (JTC 2021) cofinanciado pela Comissão Europeia/DG Investigação e Inovação; Orçamento: 99K€ (2023-2025) [PI: Prof. Carmen Jerónimo, Coordenador- Dr. Marta Dueñas (CIBER, SP)].

O Projeto UCIPredict tem como objetivo desenvolver um teste inovador e fiável que visa encontrar biomarcadores em urina e sangue para previsão de resposta à imunoterapia IT e recorrência tumoral, com o auxílio a técnicas não invasivas de medição de biomarcadores circulantes provenientes do tumor e do microambiente tumoral. A implementação de biomarcadores em biópsias líquidas melhorará o diagnóstico, o prognóstico e a previsão da resposta IT em doentes com UC. O principal objetivo deste projeto é, assim, identificar assinaturas moleculares e celulares de amostras de urina e sangue para desenvolver uma ferramenta laboratorial robusta e reprodutível para terapia personalizada e previsão de resposta IT em doentes com UC. Assim, propomos 1) Identificar potenciais alvos moleculares para orientar os tratamentos de IT na UC, 2) Detetar células tumorais circulantes (CTCs) e células tumorais híbridas (THCs) em doentes metastáticos e tratados com IT e 3) Avaliar a imunomodulação para o resultado de IT.

CCI4EU – “Comprehensive Cancer Infrastructures for the European Union” Agência financiadora: 4 EUROPE- HORIZON-MISS-2022-CANCER-01-02-101103746; Orçamento: 57K€; (2023-2026) [PI@IPO Porto: Prof. Rui Henrique, Coordenadores: Carla Finocchiaro, Valentina Lungheu e Maurizio Cicero – Organisation of European Cancer Institutes (OECI-EEIG)].

O objetivo do consórcio CCI4EU é reforçar a capacidade de investigação das infraestruturas Comprehensive Cancer (ICC), através de: definição do modelo de maturidade das ICC; conceção das intervenções personalizadas do Programa de Capacitação; promoção de cursos on-line; implementação de intervenções específicas no local; disseminação, exploração e reporte de resultados.

PROSTAMET – “PROSTAMET A Comprehensive Translational Research and Training Pipeline Harnessing Lipid Metabolism to Improve Prostate Cancer Management and Educate Young Researchers in Tackling Complex Disease” Agência Financiadora: Comissão Europeia – HORIZON-MSCA-2022-DN-01 (Grant agreement ID: 101120283), Orçamento: 243K€ (2024-2027) [PI@IPO Porto: Prof. Carmen Jerónimo, Coordenador: Prof. Johannes Swinnen (KU Leuven, BE)].

Face a doenças multifatoriais complexas, como o cancro, e aos desafios colocados pela nossa sociedade envelhecida, a tradução de avanços tecnológicos em tratamentos personalizados e economicamente viáveis continua a ser uma preocupação premente para a comunidade científica. Com o apoio das Ações Marie Skłodowska-Curie, o projeto PROSTAMET criará uma Rede Doutoral (DN) imersiva dedicada à formação da próxima geração de investigadores na abordagem a estes tipos de doenças. Com o foco no cancro da próstata, o projeto pretende colmatar as lacunas na investigação translacional e explorar o potencial das alterações do metabolismo lipídico. Ao tirar partido da sua transdisciplinaridade, o projeto visa estabelecer uma linha de investigação pioneira focada nos lípidos.

Nacionais
Em curso

EpImmunePCa – “On the crossroads of Immuno-Epigenetics for targeting advanced Prostate Cancer” EM COLABORAÇÃO com INEB/i3S, Agência financiadora: Fundação para a Ciência e Tecnologia (2022.04809.PTDC), Orçamento: 250K€ (2023-2025) (PI: Dra. Margareta Correia, Co-PI- Prof. Rui Henrique).

O objetivo global deste projeto prende-se com a análise do perfil transcriptómico e epigenético dos linfócitos citotóxicos intra-tumorais de CaP avançado, convergindo um propósito de conhecimento básico acerca da regulação epigenética, com um objetivo translacional de aumentar a eficácia de imunoterapias baseadas em células.

PCaEVision – “Decoding the role of extracellular vesicles in prostate cancer bone metastasis” EM COLABORAÇÃO com Fundação Champalimaud e CNIO (Espanha), Agência financiadora: Fundação para a Ciência e Tecnologia (2022.05135.PTDC), Orçamento: 50K€ (2023-2024) (PI: Dra. Vera Constâncio, Co-PI-Dr. Hector Peinado).

O objetivo geral do Projeto PCaEVision é promover o conhecimento dos processos fisiopatológicos no desenvolvimento de metástases ósseas de cancro da próstata (PCa), abordando a contribuição das vesículas extracelulares (EVs) derivadas de PCa para o desenvolvimento de metástases ósseas in vivo. Espera-se que o PCaEVision contribua com: i) a elucidação do papel das EVs produzidas por tumores primários de PCa no desenvolvimento da doença metastática óssea, abrindo espaço para futuros estudos com o objetivo de caracterizar as alterações moleculares causadas por EVs derivadas de PCa durante o início da metástase óssea e progressão, e ii) a identificação de novos potenciais biomarcadores da doença agressiva do PCa. Em última análise, essas descobertas podem contribuir para a melhoria da saúde e sobrevida de doentes com PCa.

Concluídos

EpiMarkGermCell – “Development of novel prognostic and predictive epigenetic biomarkers for malignant testicular germ cell tumors” Funding agency: Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT) (POCI-01-0145-FEDER-29043); Orçamento: 240K€ (2018-2021); (IP: Prof. Doutor Rui Henrique, Co-IP: Prof. Doutora Carmen Jerónimo).

O objetivo geral do Projeto EpiMarkGermCell é descobrir e validar novos biomarcadores epigenéticos, tanto de prognóstico como preditivos, para TGCT, permitindo assim uma melhoria nos cuidados aos pacientes. Serão disponibilizadas e testadas biópsias de tecido e líquidas para identificar padrões alterados de metilação do ADN, expressão de enzimas de modificação/remodelação da cromatina e níveis de transcrição de miRNAs. Os biomarcadores candidatos que se revelarem promissores serão submetidos a patenteamento europeu. Este projeto baseia-se na experiência do Grupo de Biologia do Cancro e Epigenética do IPO Porto no desenvolvimento de biomarcadores epigenéticos para cancros urológicos.

Publicações

Lobo J, Constâncio V, Leite-Silva P, Guimaraes R, Cantante M, Braga I, Mauricio J, Looijenga LHJ, Henrique R, and Jerónimo C, Differential methylation EPIC analysis discloses cisplatin-resistance related hypermethylation and tumor-specific heterogeneity within matched primary and metastatic testicular germ cell tumor patient tissue samples. Clin Epigenetics, 2021. 13(1): p. 70.DOI: 10.1186/s13148-021-01048-y.

Lobo J, Constâncio V, Guimaraes-Teixeira C, Leite-Silva P, Miranda-Goncalves V, Sequeira JP, Pistoni L, Guimarães R, Cantante M, Braga I, Mauricio J, Looijenga LHJ, Henrique R, and Jerónimo C, Promoter methylation of DNA homologous recombination genes is predictive of the responsiveness to PARP inhibitor treatment in testicular germ cell tumors. Mol Oncol, 2021. 15(4): p. 846-865.DOI: 10.1002/1878-0261.12909.

Lobo J, Cardoso AR, Miranda-Goncalves V, Looijenga LHJ, Lopez M, Arimondo PB, Henrique R, and Jeronimo C, Targeting Germ Cell Tumors with the Newly Synthesized Flavanone-Derived Compound MLo1302 Efficiently Reduces Tumor Cell Viability and Induces Apoptosis and Cell Cycle Arrest. Pharmaceutics, 2021. 13(1).DOI: 10.3390/pharmaceutics13010073.

Lobo J, Guimaraes-Teixeira C, Barros-Silva D, Miranda-Goncalves V, Camilo V, Guimaraes R, Cantante M, Braga I, Mauricio J, Oing C, Honecker F, Nettersheim D, Looijenga LH, Henrique R, and Jeronimo C, Efficacy of HDAC Inhibitors Belinostat and Panobinostat against Cisplatin-Sensitive and Cisplatin-Resistant Testicular Germ Cell Tumors. Cancers (Basel), 2020. 12(10).DOI: 10.3390/cancers12102903.

Lobo J, Guimaraes R, Miranda-Goncalves V, Monteiro-Reis S, Cantante M, Antunes L, Braga I, Mauricio J, Looijenga LH, Jeronimo C, and Henrique R, Differential expression of DNA methyltransferases and demethylases among the various testicular germ cell tumor subtypes. Epigenomics, 2020. 12(18): p. 1579-1592.DOI: 10.2217/epi-2020-0066.

Lobo J, Alzamora MA, Guimaraes R, Cantante M, Lopes P, Braga I, Mauricio J, Jeronimo C, and Henrique R, p53 and MDM2 expression in primary and metastatic testicular germ cell tumors: Association with clinical outcome. Andrology, 2020. 8(5): p. 1233-1242.DOI: 10.1111/andr.12814.

Fontes-Sousa M, Lobo J, Magalhaes H, Cassis J, Malheiro M, Ramos S, Henrique R, Martins A, and Mauricio MJ, Clinical implications of the American Joint Committee on Cancer (AJCC) 8th edition update in seminoma pT1 subclassification. BMC Urol, 2020. 20(1): p. 127.DOI: 10.1186/s12894-020-00682-7.

Lobo J, Gillis AJM, van den Berg A, Dorssers LCJ, Belge G, Dieckmann KP, Roest HP, van der Laan LJW, Gietema J, Hamilton RJ, Jeronimo C, Henrique R, Salvatori D, and Looijenga LHJ, Identification and Validation Model for Informative Liquid Biopsy-Based microRNA Biomarkers: Insights from Germ Cell Tumor In Vitro, In Vivo and Patient-Derived Data. Cells, 2019. 8(12).DOI: 10.3390/cells8121637.

Lobo J, Rodrigues A, Guimaraes R, Cantante M, Lopes P, Mauricio J, Oliveira J, Jeronimo C, and Henrique R, Detailed Characterization of Immune Cell Infiltrate and Expression of Immune Checkpoint Molecules PD-L1/CTLA-4 and MMR Proteins in Testicular Germ Cell Tumors Disclose Novel Disease Biomarkers. Cancers (Basel), 2019. 11(10).DOI: 10.3390/cancers11101535.

Lobo J, Nunes SP, Gillis AJM, Barros-Silva D, Miranda-Goncalves V, Berg AVD, Cantante M, Guimaraes R, Henrique R, Jeronimo C, and Looijenga LHJ.,  XIST-Promoter Demethylation as Tissue Biomarker for Testicular Germ Cell Tumors and Spermatogenesis Quality. Cancers (Basel), 2019. 11(9).DOI: 10.3390/cancers11091385.

Lobo J, Pinto C, Pinheiro M, Lobo F, Sousa N, Lopes P, Looijenga LH, Jeronimo C, Teixeira MR, and Henrique R, Widening the spectrum of Lynch syndrome: first report of testicular seminoma attributable to MSH2 loss. Histopathology, 2020. 76(3): p. 486-489.DOI: 10.1111/his.13979.

Lobo J, Costa AL, Cantante M, Guimaraes R, Lopes P, Antunes L, Braga I, Oliveira J, Pelizzola M, Henrique R, and Jeronimo C, m(6)A RNA modification and its writer/reader VIRMA/YTHDF3 in testicular germ cell tumors: a role in seminoma phenotype maintenance. J Transl Med, 2019. 17(1): p. 79.DOI: 10.1186/s12967-019-1837-z.

Costa AL, Moreira-Barbosa C, Lobo J, Vilela-Salgueiro B, Cantante M, Guimaraes, R., Lopes P, Braga I, Oliveira J, Antunes L, Henrique R, and Jeronimo C,  DNA methylation profiling as a tool for testicular germ cell tumors subtyping. Epigenomics, 2018. 10(12): p. 1511-1523.DOI: 10.2217/epi-2018-0034.

Lobo J, Costa AL, Vilela-Salgueiro B, Rodrigues A, Guimaraes R, Cantante M, Lopes P, Antunes L, Jeronimo C, and Henrique R, Testicular germ cell tumors: revisiting a series in light of the new WHO classification and AJCC staging systems, focusing on challenges for pathologists. Hum Pathol, 2018. 82: p. 113-124.DOI: 10.1016/j.humpath.2018.07.016.

Vilela-Salgueiro B, Barros-Silva D, Lobo J, Costa AL, Guimaraes R, Cantante M, Lopes P, Braga I, Oliveira J, Henrique R, and Jeronimo C, Germ cell tumour subtypes display differential expression of microRNA371a-3p. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci, 2018. 373(1748).DOI: 10.1098/rstb.2017.0338.

HyTherCaP – “Hydralazine: Testing an off-label effect in Castration-Resistant Prostate Cancer” Funding agency: Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT) (POCI-01-0145-FEDER-29030); Orçamento: 240K€ (2018-2021); (IP: Prof. Doutora Carmen Jerónimo, Co-IP: Prof. Doutor João F Mano).

O objetivo geral do Projeto HyTherCap é confirmar o mecanismo de ação da hidralazina em CRPC, que possivelmente envolve a reexpressão do AR mediada por desmetilação, e definir um biomarcador preditivo de resposta a esta terapia, permitindo a utilização off-label da hidralazina num subconjunto de doentes com CRPC que apresenta hipermetilação do AR.

Publicações

Antunes J, Gaspar VM, Ferreira L, Monteiro M, Henrique R, Jeronimo C, and Mano JF, In-air production of 3D co-culture tumor spheroid hydrogels for expedited drug screening. Acta Biomater, 2019. 94: p. 392-409.DOI: 10.1016/j.actbio.2019.06.012.

Marques-Magalhães Â, Graça I, Miranda-Gonçalves V, Henrique R, Lopez M, Arimondo PB, Jerónimo C. Anti-neoplastic and demethylating activity of a newly synthetized flavanone-derived compound in Renal Cell Carcinoma cell lines. Biomed Pharmacother. 141:111681, 2021. doi: 10.1016/j.biopha.2021.111681. 

Pacheco MB, Camilo V, Lopes N, Moreira-Silva F, Correia MP, Henrique R, Jerónimo C. Hydralazine and Panobinostat Attenuate Malignant Properties of Prostate Cancer Cell Lines. Pharmaceuticals (Basel). 14(7):670, 2021. doi: 10.3390/ph14070670.

Lopes N, Pacheco MB, Soares-Fernandes D, Correia MP, Camilo V, Henrique R, Jerónimo C. Hydralazine and Enzalutamide: Synergistic Partners against Prostate Cancer. Biomedicines 9(8):976, 2021. doi: 10.3390/biomedicines9080976.

Moreira-Silva F, Outeiro-Pinho G, Lobo J, Guimarães R, Gaspar VM, Mano JF, Agirre X, Pineda-Lucena A, Prosper F, Paramio JM, Henrique R, Correia MP, Jerónimo C. G9a inhibition by CM-272: Developing a novel anti-tumoral strategy for castration-resistant prostate cancer using 2D and 3D in vitro models. Biomed Pharmacother. 150:113031, 2022. doi: 10.1016/j.biopha.2022.113031.

NASYTHOR – “ Novel Natural and Synthetic Compounds for Treating Hormone Resistant Tumors” Agência Financiadora: Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT) (NORTE-01-0145-FEDER-024156); Orçamento: 150K€ (2017-2019); IP: Prof. Dra. Regina Silva, Co-IP@IPO Porto: Prof. Dra. Carmen Jerónimo.

Este projeto tem como objetivo avaliar o potencial anti-tumoral de extratos de plantas, líquidos iônicos e quinoxalinas em tumores hormono-resistentes comuns no Norte de Portugal, neste caso tumores de próstata resistentes à castração e tumores de mama independentes de estrogénio.  O projeto envolve a avaliação in vitro do potencial anti-tumoral em linhas celulares de próstata e mama a fim de selecionar os mais promissores e in vivo utilizando como modelo o peixe-zebra, a identificação da expressão génica por tratamento com os compostos selecionados de forma a inferir sobre o mecanismo de ação molecular subjacente aos efeitos citotóxicos e a avaliação da utilidade clínica da expressão génica que pode ser usada para prever a resposta terapêutica e, assim, servir como biomarcador para a gestão clínica e orientação terapêutica. Com esta abordagem espera-se a identificação de novos compostos anti-tumorais com alvo nos tumores mais comuns e incidentes na Região Norte de Portugal.

Publicações

Vieira FQ, Marques-Magalhães Â, Miranda-Gonçalves V, Ferraz R, Vieira M, Prudêncio C, Jerónimo C*, Silva RA*. The Impact of [C16Pyr][Amp] on the Aggressiveness in Breast and Prostate Cancer Cell Lines.Int J Mol Sci. 21(24):E9584, 2020. doi: 10.3390/ijms21249584.

TRIMARKCHIP – “Assessing the trifecta of cancer circulating biomarkers: a combined microfluidics platform for detection of CTCs, exosomes and ctDNA” Agência Financiadora: Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT) (POCI-01-0145-FEDER-030831- PTDC/BTM-TEC/30831/2017), Orçamento: 41K€ (2018-2022) PI@i3S: Prof. Dr. Fernando J Monteiro, Co-PI: Prof. Dra. Carmen Jerónimo.

O projecto proposto foca-se no desenvolvimento de um sistema avançado de microfluidos one-chip para isolamento e caracterização de três biomarcadores em circulação presentes no sangue periférico de pacientes oncológicos: células tumorais circulantes (CTCs em inglês), DNA tumoral circulante (ctDNA em inglês) e exossomas. Este sistema avançado será aplicado no diagnóstico e prognóstico de cancro do pulmão, para auxiliar na selecção de tratamento e avaliar a resposta celular à terapia. O cancro do pulmão continua a ser o tipo de cancro mais mortífero a nível mundial, é difícil de diagnosticar em estadios precoces e encontra-se inacessível para biópsias tumorais. São necessárias novas estratégias para detecção precoce do tumor primário e metástases e para a correcta selecção de tratamentos específicos para os pacientes, dependendo das mutações tumorais. Este sistema seria uma ferramenta poderosa e minuciosa para avaliar, através de uma simples colheita de sangue, o panorama genético completo da doença, do tumor primário a possíveis metástases, auxiliando numa monitorização contínua e em tempo real de cada doença.

Publicações

Carvalho Â, Guimarães-Teixeira C, Constâncio V, Fernandes M, Macedo-Silva C, Henrique R, Monteiro FJ, Jerónimo C. One sample fits all: a microfluidic-assisted methodology for label-free isolation of CTCs with downstream methylation analysis of cfDNA in lung cancer. Biomater Sci. 10(12):3296-3308, 2022. doi: 10.1039/d2bm00044j.

 

CONTRATOS R&D COM COMPANHIAS FARMACÊUTICAS

KYMAB – “Immunoprofiling characterisation of clinical samples by IHC and gene expression analysis and correlation with clinical outcomes in support of translational medicine strategies for ICOS and PD-L1-IC antibody therapeutics.”Kymab Ltd. (Cambridge, UK); Orçamento: 159K€ (2019-2022) (PI: Prof. Dr. Rui Henrique).

Este projeto visa apoiar o emprego da medicina translacional, desde a descoberta inicial até ao desenvolvimento clínico, através do fortalecimento da compreensão da expressão alvo em amostras humanas clinicamente relevantes e da correlação com características clínicas da doença e do resultado.

Colaboradores em projetos com Financiamento Competitivo: 

• CyclicCell: PTDC/EME-APL/1342/2020
• GLYCOTARGET: PTDC/MEC-ONC/0491/2021
• PRIME-ROSE- Precision Cancer Medicine Repurposing System using pragmatic Trials- HORIZON-RIA- 101104269
• ACCuseD: PTDC/SAU-SER/30388/2017

PROJECTOS COM FINANCIAMENTO INTERNO

DNAmeCERVIX- “DNA methylation biomarkers for triage of hrHPV positive cases in the Northern Portugal population-based cervical cancer screening program” financiado pelo Centro de Investigação do Instituto Português de Oncologia (PI 142-CI-IPOP-130-2020), Orçamento: 40K€ (2020-2024) (PI: Prof. Carmen Jerónimo; Co-PI: Prof. Rui Henrique). Em colaboração com a ARS-Norte.

As estratégias de rastreio baseadas no HPV podem ser feitas em larga escala devido à automatização e são muito sensíveis, em comparação com a citologia, mas falta-lhes especificidade, sobretudo entre mulheres jovens, consequência da alta prevalência de infecções transientes. Ainda assim, a metilação de DNA constitui um marcador de triagem promissor para encaminhamento para colposcopia de mulheres positivas para HR-HPV, mostrando níveis de sensibilidade superiores à citologia neste contexto. O objectivo principal deste projecto é validar um painel de marcadores baseados em metilação de DNA para triagem de mulheres com testes positivos para HR-HPV no contexto do rastreio de cancro cervical da população geral.

Publicações 

Salta S, Maia-Moço L, Estevão-Pereira H, Sequeira JP, Vieira R, Bartosch C, Petronilho S, Monteiro P, Sousa A, Baldaque I, Rodrigues J, Sousa H, Tavares F, Henrique R, Jerónimo C. Performance of DNA methylation-based biomarkers in the cervical cancer screening program of northern Portugal: A feasibility study. Int J Cancer, 149(11):1916-1925, 2021. doi: 10.1002/ijc.33778.

Salta S, Lobo J, Magalhães B, Henrique R, Jerónimo C. DNA methylation as a triage marker for colposcopy referral in HPV-based cervical cancer screening: a systematic review and meta-analysis. Clin Epigenetics, 15: 125, 2023. doi: 10.1186/s13148-023-01537-2

Salta S, Sequeira JP, Lobo J, Sousa A, Sousa H, Baldaque I, Monteiro P, Tavares F, Henrique R, Jerónimo C. Preliminary outcomes of the Cervical Cancer Screening Program of Northern Portugal: a snapshot. J Infect Public Health, 17(6):1057-1064, 2024. doi: 10.1016/j.jiph.2024.04.020

EpiPaRTy – “Advances in Epigenetic targeting for PCa: Dissecting the interplay between ncRNAs and chromatin remodelers and their role as biomarkers of RadioTherapy resistance” (PI-159-CI-IPOP-152-2021), Orçamento: 35K€ (2021-2024) (PI: Prof. Carmen Jerónimo).

Apesar das altas taxas de sobrevivência, alguns tumores de cancro da próstata (PCa) adquirem um fenótipo agressivo e podem disseminar-se, tornando-se resistentes à terapia, tal como a radioterapia, onde está provado que a eficácia diminui em estadios mais avançados, com o aparecimento de recidiva bioquímica ou metastização. De acordo com a relação existente entre a resposta à radioterapia e a morte celular, as alterações epigenéticas, incluindo a desregulação de RNAs não codificantes e as modificações de remodelação da cromatina, afetam a expressão de vários genes-alvo críticos para o crescimento celular, reparação de erros de DNA e desregulação do ciclo celular. Assim, neste projeto queremos identificar novas estratégias terapêuticas contra marcadores epigenéticos relevantes que possam reverter o fenótipo radioresistente, bem como novos biomarcadores prognósticos e preditivos com valor clínico para a estratificação de doentes com PCa.

Publicações

Macedo-Silva C, Benedetti R, Ciardiello F, Cappabianca S, Jerónimo C, Altucci L. Epigenetic mechanisms underlying prostate cancer radioresistance. Clin Epigenetics. 13(1):125, 2021. doi: 10.1186/s13148-021-01111-8.

Macedo-Silva C, Miranda-Gonçalves V, Tavares NT, Barros-Silva D, Lencart J, Lobo J, Oliveira Â, Correia MP, Altucci L, Jerónimo C. Epigenetic regulation of TP53 is involved in prostate cancer radioresistance and DNA damage response signaling. Signal Transduct Target Ther. 8(1):395. doi: 10.1038/s41392-023-01639-6.

DECODE – “Epigenetic regulation of non-coding RNAs in Prostate Cancer” (PI 157-CI-IPOP-121-2019), Orçamento: 35K€ (2021-2024). (PI: Prof. Carmen Jerónimo)

O projeto DECODE visa fornecer mais informações sobre medicina básica e como as alterações químicas dos RNAs não codificantes podem ser traduzidas para a prática clínica. Os mecanismos regulatórios específicos através dos quais a epitranscriptómica pode inibir ou promover o aparecimento e a progressão do cancro dependem essencialmente de 2 aspetos: (1) se as modificações químicas têm como alvo RNAs oncogénico ou supressores tumorais; (2) mudanças na expressão ou atividade das moléculas responsáveis por instaurar/remover as modificações. Desta forma, esclarecer os genes-alvo epitranscriptómicos e as respetivas vias moleculares é mandatório para entender o impacto das modificações do RNA na biologia do cancro. O nosso objetivo é descobrir se os perfis de metilação dos RNAs podem ser úteis para esclarecer os mecanismos por trás do cancro da próstata, e melhorar a decisão clínica e as terapias existentes.

Publicações

Barros-Silva D, Lobo J, Guimarães-Teixeira C, Carneiro I, Oliveira J, Martens-Uzunova ES, Henrique R, Jerónimo C. VIRMA-Dependent N6-Methyladenosine Modifications Regulate the Expression of Long Non-Coding RNAs CCAT1 and CCAT2 in Prostate Cancer. Cancers 12(4): E771, 2020. doi: 10.3390/cancers12040771.

Barros-Silva D, Tsui J, Jerónimo C, Jenster G, Martens-Uzunova ES. Site-specific analysis of ribosomal 2’O-methylation by quantitative reverse transcription PCR under low deoxynucleotide triphosphate concentrations. Biotechniques. 74(5):225-235, 2023. doi: 10.2144/btn-2022-0122.

MiRVeBlad- “Identification of Exosomal-derived miRNAs as non-invasive high-risk BlCa biomarkers” (PI-160-CI-IPOP-153-2021), Orçamento: 35K€ (2021-2024). (PI: Prof. Carmen Jerónimo). Este projecto tem sido desenvolvido no âmbito do Porto.CCC

As vesículas extracelulares (EVs, em inglês) têm um papel funcional essencial na progressão tumoral localizada, disseminação metastática, e aparecimento de resistência a fármacos em diferentes tipos de cancro. Como tal, as EVs estão a ser exploradas enquanto potenciais marcadores de diagnóstico, prognóstico e preditivos de malignidade. Virtualmente todas as biomoléculas (tais como DNA, RNA, ncRNA ou proteinas) presentes nas EVs podem ser testadas. No contexto de tumores uroteliais, há evidências recentes que sugerem que as EVs reflectem a assinatura molecular das células do tumor primário e podem, por isso, servir como uma ferramenta eficaz para a caracterização molecular dos tumores bem como para revelar biomarcadores clínicos úteis. O nosso objetivo é descobrir e validar estes biomarcadores em biópsias líquidas de pacientes com tumores uroteliais. Biomarcadores eficazes permitirão o diagnóstico precoce de tumores e a estratificação adequada de lesões de alto e baixo risco.

Publicações

Teixeira-Marques A, Lourenço C, Oliveira MC, Henrique R, Jerónimo C. Extracellular Vesicles as Potential Bladder Cancer Biomarkers: Take It or Leave It? Int J Mol Sci. 24(7):6757, 2023. doi: 10.3390/ijms24076757. PMID: 37047731; PMCID: PMC10094914.

Montezuma D, Teixeira-Marques A, Jerónimo C, Henrique R. Epigenetic extracellular vesicle-based biomarkers for urological malignancies: is the hope worth the hype? Epigenomics. 13(19):1514-1521, 2021. doi: 10.2217/epi-2021-0333. PMID: 34617453.

Teixeira-Marques A, Monteiro-Reis S, Montezuma D, Lourenço C, Oliveira MC, Constâncio V, Sequeira JP, Carvalho-Maia C, Freitas R, Martens-Uzunova ES, Vasconcelos MH, Henrique R, Jerónimo C. Improved recovery of urinary small extracellular vesicles by differential ultracentrifugation Sci Reports (aceite para publicação).

PCaEXOBone – “Prostate Cancer pre-metastatic niche formation: Exosomal osteotropism” (PI 158-CI-IPOP-151-2021), Budget: 45K€ (2021-2024) (PI: Prof. Carmen Jerónimo)

O cancro da próstata (PCa, em inglês) é um grande problema de saúde pública a nível mundial. Apesar da alta incidência, as mortes relacionadas com o PCa são sobretudo devidas a doença metastática, para a qual não existem tratamentos curativos. Apesar das metástases ósseas representarem até 84% de todas as metástases de PCa, os mecanismos que controlam o osteotropismo do PCa permanecem largamente desconhecidos. Os exossomas conseguem transferir a sua carga, tendo um impacto funcional nas células que a recebem. Assim, os exossomas têm sido relacionados com a formação de nichos pré-metastáticos através da criação de um ambiente pró-tumoral distante do tumor primário. Para além disso, apesar de os exossomas terem sido associados com o tropismo metastático em vários tipos de cancro, as assinaturas de exossomas e a sua relevância biológica na carcinogénese e metastização do PCa carecem ainda de compreensão. Por isso, o nosso objectivo é desvendar a função dos exossomas derivados do PCa no desenvolvimento de metástases e identificar a carga exossomal que contribui para o ósteotropismo. Para além disso, queremos desenvolver uma ferramenta específica de prognóstico da formação de um nicho ósseo pré-metastático que seja capaz de prever a probabilidade de progressão para doença metastática.

EpiMetaboK – “Epitranscriptomic alterations within renal cancer metabolism reprogramming: uncovering new therapeutic targets” (PI 112-CI-IPOP-92-2018), Orçamento: 50K€ (2022-2024) (PI: Prof. Carmen Jerónimo; Co-PI Dra. Vera Miranda-Gonçalves)

O carcinoma de células renais (RCC, em inglês) é a neoplasia mais comum no rim. As terapias actuais são sobretudo curativas para doença localizada, mas não impedem o aparecimento de recidivas e a metastização. Há necessidade de biomarcadores que possam discriminar com precisão os pacientes que são efectivamente curados pela cirurgia daqueles que irão recidivar e desenvolver doença metastática. Neste sentido, um conhecimento alargado da biologia da progressão e metastização dos RCC é imperativa. A epitranscriptómica é uma nova camada da regulação de expressão génica ao nível do RNA. Actualmente, a reprogramação metabólica é considerada um hallmark do cancro, e a sua interacção com a epigenética tem sido estudada por várias equipas de investigação, contrariamente às interacções com a epitranscriptómica, cujas implicações em RCC são em grande parte ainda desconhecidas. Assim, este projecto tem por objectivo explorar o papel da modulação epitranscriptómica em RCC e, especificamente, identificar as enzimas metabólicas que são reguladas pelo m6A.

Publicações

Guimarães-Teixeira C, Barros-Silva D, Lobo J, Soares-Fernandes D, Constâncio V, Leite-Silva P, Silva-Santos R, Braga I, Henrique R, Miranda-Gonçalves V, Jerónimo C. Deregulation of N6-Methyladenosine RNA Modification and Its Erasers FTO/ALKBH5 among the Main Renal Cell Tumor Subtypes. J Pers Med. 11(10):996, 2021. doi: 10.3390/jpm11100996.

MethyProCancer – “Prostate Cancer Risk Stratification and monitoring approach: Unveiling circulating DNA methylation-based biomarkers” (PI189-CI-IPOP-22-2023), Orçamento: 25K€ (2023-2024) (PI: Prof. Carmen Jerónimo; Co-PI Prof. Rui Henrique)

Embora a maioria dos cancros da próstata (PCa) não sejam fatais, cerca de 20% dos casos são agressivos e tem mau prognóstico. A triagem com base nos níveis de PSA levou à diminuição das taxas de mortalidade, mas o sobre-diagnóstico e o consequente sobre-tratamento aumentaram consideravelmente. É, assim, urgente desenvolver técnicas mais eficazes que permitam categorizar de forma fiável o risco intermediário desfavorável (uirPCa) e o PCa de alto risco (hrPCa), bem como monitorar a doença residual quantificável após a terapia.

Casos precoces de PCa que envolvem uma alteração na metilação do DNA são facilmente detetados em biópsias líquidas e são úteis para o desenvolvimento de testes de diagnóstico, prognóstico e predição de resposta. Neste projeto pretendemos explorar biomarcadores minimamente invasivos baseados em metilação do DNA, para auxílio na estratificação de uirPCa e hrPCa, bem como vigilância de doença residual, ajudando assim na potencial melhoria da triagem baseada em PSA.

Publicações

Sequeira JP, Salta S, Freitas R, López-López R, Díaz-Lagares Á, Henrique R, Jerónimo C. Biomarkers for Pre-Treatment Risk Stratification of Prostate Cancer Patients: A Systematic Review. Cancers (Basel). 16(7):1363, 2024. doi: 10.3390/cancers16071363.

miREpiTestis – “Unveiling miR-371-373 cluster epigenetic reprogramming and downstream targets in testicular germ cell tumors” (PI190-CI-IPOP-23-2023), Orçamento: 25K€ (2023-2024) (PI: Prof. Carmen Jerónimo; Co-PI Dr. João Lobo)

Até o momento, o miR-371a-3p é o marcador tumoral mais promissor em tumores de células germinativas do testículo (TGCTs) e é esperado que entre na prática clínica em breve devido à sua alta sensibilidade e especificidade. Apesar da indubitável utilidade clínica, pouco se sabe sobre a biologia, secreção e mecanismos regulatórios do miR-371a-3p. Assim, o projeto miREpiTestis visa 1) descobrir mecanismos regulatórios epigenéticos do miR-371-373 (upstream), 2) determinar genes-alvo do miR-371a-3p relacionados com a estaminilidade (downstream) e 3) verificar a sua secreção em vesículas extracelulares derivadas de TGCT.

Publicações

Lobo J, Tavares NT, Jerónimo C, Henrique R, Dvindenko E, Cornejo KM, Berney DM, Ulbright TM, Gupta S, Acosta AM. Analysis of MicroRNA-371-373 supports that a subset of spermatocytic tumors demonstrates biologic features similar to those of GCNIS-derived germ cell tumors. Hum Pathol, 48:66-71, 2024. doi: 10.1016/j.humpath.2024.05.005

Estevão-Pereira H, Guimarães-Teixeira C, Flores BT, Moreira-Silva F, Tavares NT, Guimarães R, Braga I, Maurício J, Henrique R, Jerónimo C, Lobo J. EHMT2/G9a and EZH2: Epimarkers in Testicular Germ Cell Tumors. Andrology. 2024. doi: 10.1111/andr.13604. Online ahead of print

Tavares NT, Lobo J, Bagrodia A. MicroRNAs for detecting occult genitourinary cancer. Curr Opin Urol, 34(1):20-26, 2024. doi: 10.1097/MOU.0000000000001137

SuHRBlac – “Surveillance of high-risk non-muscle invasive bladder cancer: validation of an epigenetics-based test in a real-world scenario” (PI191-CI-IPOP-24-2023), Orçamento: 9K€ (2023-2024) (PI: Prof. Carmen Jerónimo; Prof. Rui Henrique)

Mesmo após o tratamento dos tumores primários, o cancro da bexiga (BC) apresenta elevadas taxas de recorrência, o que exige monitorização frequente destes doentes. O projeto SuHRBlaC visa avaliar o desempenho de um teste de deteção não invasivo usando a urina como fonte de biomarcadores de metilação do DNA para detetar BC recidivante. Atualmente, nenhum biomarcador molecular é amplamente utilizado neste cenário e sua implementação poderia ajudar a reduzir a sobrecarga de cuidados imposta aos Sistemas de Saúde.

Publicações selecionadas 

• Macedo-Silva C, Miranda-Gonçalves V, Tavares NT, Barros-Silva D, Lencart J, Lobo J, Oliveira Â, Correia MP, Altucci L, Jerónimo C. Epigenetic regulation of TP53 is involved in prostate cancer radioresistance and DNA damage response signaling. Signal Transduct. Target. Ther. 8(1): 395, 2023. doi: 10.1038/s41392-023-01639-6.
• Monteiro-Reis S, Miranda-Gonçalves V, Guimarães-Teixeira C, Martins-Lima C, Lobo J, Montezuma D, Dias PC, Neyret-Kahn H, Bernard-Pierrot I, Henrique R, Jerónimo C. Vimentin epigenetic deregulation in Bladder Cancer associates with acquisition of invasive and metastatic phenotype through epithelial-to-mesenchymal transition. Int J Biol Sci. 19(1):1-12, 2023. doi: 10.7150/ijbs.77181.
• Guimarães-Teixeira C, Lobo J, Miranda-Gonçalves V, Barros-Silva D, Martins-Lima C, Monteiro-Reis S, Sequeira JP, Carneiro I, Correia MP, Henrique R, Jerónimo C. Downregulation of m6 A writer complex member METTL14 in bladder urothelial carcinoma suppresses tumor aggressiveness. Mol Oncol. 16(9):1841-1856, 2022. doi: 10.1002/1878-0261.13181.
• Miranda-Gonçalves V, Lobo J, Guimarães-Teixeira C, Barros-Silva D, Guimarães R, Cantante M, Braga I, Maurício J, Oing C, Honecker F, Nettersheim D, Looijenga LHJ, Henrique R, Jerónimo C. The component of the m6A writer complex VIRMA is implicated in aggressive tumor phenotype, DNA damage response and cisplatin resistance in germ cell tumors. J Exp Clin Cancer Res. 40(1):268, 2021. doi: 10.1186/s13046-021-02072-9.
• Lobo J, Constâncio V, Guimarães-Teixeira C, Leite-Silva P, Miranda-Gonçalves V, Sequeira JP, Pistoni L, Guimarães R, Cantante M, Braga I, Maurício J, Looijenga LHJ, Henrique R, Jerónimo C. Promoter methylation of DNA homologous recombination genes is predictive of the responsiveness to PARP inhibitor treatment in testicular germ cell tumors. Mol Oncol. 15(4):846-865, 2021. doi: 10.1002/1878-0261.12909.

PATENTES

(2012) Methods and biomarkers for detection of bladder cancer; US 20130210011/ EP 2630261 A1/ WO 2012052844 A1 (in collaboration with Oslo University Hospital)

(2023) Prostate cancer recurrence risk calculator; Patente Provisória PT 20242005764083

COLABORAÇÕES NACIONAIS

Celso Reis | IPATIMUP, i3S
Fátima Baltazar & Bruno Costa | ICVS/3Bs, U. Minho
Goreti Sales | U. Coimbra
Joana Paredes | IPATIMUP, i3S
João F Mano | CICECO – U. Aveir
João P Ferreira | FEUP
Luisa Helguero | IBiMED, U. Aveiro
Margarida Fardilha | IBiMED, U. Aveiro
Maria José Oliveira | INEB, i3S
Meriem Lamghari | INEB, i3S
Paula Guedes | REQUIMTE-FF, U. Porto
Raquel Almeida | IPATIMUP, i3S
Renato Natal Jorge | INEGI, FEUP
Sara Ricardo | 1H-TOXRUN, IUCS

COLABORAÇÕES INTERNACIONAIS

Aditya Bagrodia | University of California San Diego, EUA
Ángel Díaz-Lagares | Epigenomics Unit, Health Research Institute of Santiago de Compostela-IDIS, Espanha
Elena Martens-Uzunova | Erasmus Medical Center, Roterdão, Países Baixos
Florence Le Calvez-Kelm | IARC, Lyon, França
Gabri van der Pluijm | Leiden University Medical Center, Países Baixos
Giuseppina Carbone | Institute of Oncology Research IOR, Belinzona, Suíça
Guro Lind | Radium Hospital, Oslo, Noruega
Hector Peinado | CNIO, Madrid, Espanha
Hing Leung | CRUK, Glasgow, Reino Unido
Isabelle Bernard-Pierrot | Institut Curie, Paris, França
Jesús M. Paramio & Marta Dueñas | Biomedical Research Institute I+12,
University Hospital “12 de Octubre”, Madrid, Espanha
Lucia Altucci | Università degli studi della Campania “Luigi Vanvitelli”,Nápoles, Itália
Marianne G. Rots | University of Groningen, Países Baixos
Marianna Kruithof-de Julio | Bern Univ Hospital, Suíça
Mónica Martínez-Fernández | CIMUS, University of Santiago de Compostela, Espanha
Paola Arimondo | Institute Pasteur, Paris, França
Sandra Blanco | Centro de Investigación del Cáncer, Salamanca, Espanha
Wilbert Zwart | NKI, Amesterdão, Países Baixos
Valérie Taly | Université Paris Descartes, Paris, França

*A informação descrita no grupo é da inteira responsabilidade do respetivo coordenador.