Projeto: Early-stage Cancer Treatment in the Context of Molecular Imaging (Estima)

O projecto “Early stage cancer treatment, driven by context of molecular imaging (ESTIMA)” (NORTE-01-0145-FEDER-000027) tem como objectivo desenvolver um modelo multidisciplinar predictivo de uma resposta completa após radioquimioterapia neoadjuvante de doentes com cancro esofágico. Embora este estudo não modifique a actual abordagem do tratamento, o conhecimento da resposta individual poderá permitir futuramente uma abordagem personalizada de cada doente, evitando intervenções cirúrgicas desnecessárias em doentes com resposta completa e todas as co-morbilidades e perda de qualidade de vida associadas. O projecto conta com a participação de vários investigadores da instituição e também dos vários grupos associados ao Centro de Investigação do Instituto Português de Oncologia do Porto Francisco Gentil, assim como com uma colaboração estreita com o Centro de Informática e Sistemas da Universidade de Coimbra. O projecto possui duas linhas principais de acção: uma linha de diagnóstico, em que as imagens obtidas por tomografia por emissão de positrões (PET/CT) são analisadas utilizando algoritmos avançados (“data mining”, redes neuronais, “deep learning”). Uma segunda linha pretende investigar vários tipos de biomarcadores que condicionem a resposta à terapêutica. Como parte fundamental do projecto, pretende-se também optimizar a deposição de dose de radiação nestes tumores pelo novo acelerador linear Varian TrueBeam, para o qual já se conseguiram simular por métodos avançados de Monte Carlo, tratamentos de radioterapia volumétrica (VMAT). Foram já apresentadas ou encontram-se aceites para apresentação, várias comunicações em congressos nacionais e internacionais.

Artigos publicados e submetidos:

[1] Come J, Castro C, Morais A, Cossa M, Modcoicar P, Tulsidâs S, Cunha L, Lobo V, Morais AG, Cotton S, Lunet N, Carrilho C, Santos LL. Clinical and Pathologic Profiles of Esophageal Cancer in Mozambique: A Study of Consecutive Patients Admitted to Maputo Central Hospital, J Glob Oncol. 2018 Nov; (4):1-9. doi: 10.1200/JGO.18.00147

[2] Gisele Pereira, Inês Domingues, Pedro Martins, Pedro H. Abreu, Hugo Duarte, and João Santos. Registration of CT with PET: a comparison of intensity-based approaches. In “International Workshop on Combinatorial Image Analysis (IWCIA)”, 2018.

[3] Inês Domingues, Inês Lucena Sampaio, Pedro H. Abreu, Hugo Duarte, and João Santos. Computer vision in esophageal cancer: a literature review (In preparation)

[4] Inês Domingues, José P. Amorim, Pedro H. Abreu, Hugo Duarte, and João Santos. Evaluation of oversampling data balancing techniques in the context of ordinal classification. In International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN), pages 5691{5698, 2018.

[5] Inês Domingues, Pedro H. Abreu, and João Santos. BI-RADS classication of breast cancer: a new pre-processing pipeline for deep models training. In IEEE International Conference on Image Processing (ICIP), pages 1378 – 1382, 2018.

[6] Jastin P. Soares, Miriam S. Santos, Pedro H. Abreu, H. Araújo, and João Santos. Exploring the Effects of Data Distribution in Missing Data Imputation In International Symposium on Intelligent Data Analysis, pp. 251-263 (2018).

[7] Joana M.O. Santos, Sara Peixoto da Silva, Natália R. Costa, Rui Gil da Costa, Rui Medeiros “The role of microRNAs in the metastatic process of high-risk HPV-induced cancers”, Cancers 2018, 10, 493

[8] José P. Amorim, Inês Domingues, Pedro H. Abreu, and João Santos. Interpreting Deep Learning Models for Ordinal Problems. European Symposium on Artificial Neural Networks, Computational Intelligence and Machine Learning, 1(1):25{27, 2018

[9] Marta Mercier, Miriam S. Santos, Pedro H. Abreu, C. Soares, Jastin P. Soares, and João Santos. Analysing the footprint of classifiers in overlapped and imbalanced contexts. In International Symposium on Intelligent Data Analysis, pp. 200-212, 2018.

[10] Miriam S. Santos, Jastin P. Soares, Pedro H. Abreu, and J. Santos. Influence of Data Distribution in Missing Data Imputation. In Artificial Intelligence in Medicine in Europe (AIME), 2017.

[11] Miriam S. Santos, Jastin P. Soares, Pedro H. Abreu, H. Araújo, and João Santos. Cross-Validation for Imbalanced Datasets: Avoiding Overoptimistic and Overfitting Approaches. IEEE Computational Intelligence Magazine, 13(4):59{76, 2018.

[12] Natália R. Costa, Rui Gil da Costa, Rui Medeiros, A Viral Map of Gastrointestinal Cancers,. Life Sciences 2018 Apr 15;199:188-200

[13] Santos J, Peixoto da Silva S, Costa NR, Gil da Costa R, Medeiros R. The role of microRNAs in the metastatic process of high-risk HPV-induced cancers. Cancers (Basel). 2018 , 10, 493

Já submetidos, aceites ou em fase de preparação para submissão:

[1] Catarina Macedo-Silva*, Vera Miranda-Gonçalves*, Rui Henrique, Carmen Jerónimo, Isabel Bravo. Hypoxic microenvironment and epigenetic mechanism regulation: a critical role in radioresistance of esophageal cancer (review paper)

[2] Catarina Macedo-Silva, Vera Miranda-Gonçalves, Joana Lencart, Sofia Silva, Ana Lameirinhas, Rui Henrique, Isabel Bravo, Carmen Jerónimo. Role of JmjC-KDMs in hypoxic microenvironment: effect on ESCC radioresistance (original paper)

[3] Firass Ghareeb, Joana Lencart, Jorge Oliveira, João A. M. Santos, Characterization of extrafocal dose influence in the out-of-field dose distribution by Monte Crlo simulation and dose measurements, Health Physics (reviewed; under final revision before publication)

 [4] Natália Rios Costa e Rui Medeiros, Human papillomavirus and TP53 mutations in esophageal squamous cell carcinoma response to chemoradiotherapy: walk-ons or main actors? (under submission)

[5] Sofia Salta, Vera Miranda-Gonçalves, Catarina Macedo-Silva, Mónica Farinha, Davide Gigliano, Rita Guimarães, Olga Sousa, Rui Henrique, Carmen Jerónimo. A DNA Methylation-Based Test for Esophageal Cancer Detection (original paper)

Outras acções de divulgação:

  • “Early-stage cancer treatment, driven by context of molecular imaging (ESTIMA)” J.A.M.Santos. Reunião científica do CI/EPOP do IPO-Porto, 28 de Outubro de 2016
  • Simpósio Satélite Projeto Estima: IPO Porto – Early-stage Cancer treatment Driven by Context of Molecular imaging – Carcinoma do Trato Gastrointestinal, Palestrante: Olga Pinto, VI Congresso da Sociedade Portuguesa Radioterapia Oncologia, IPO PORTO, 2 e 3 de Junho de 2017

Ficha Técnica do Projeto

Projeto: ODISSEIA – Oncology Disease Information System

O projeto ODISSEIA – Oncology Disease Information System tem por base o suporte à colaboração e partilha de conhecimento entre todos os atores envolvidos na prevenção, no diagnóstico, no tratamento e investigação em cancro no Norte do País – âmbito RORENO, bem como a recolha, processamento e disponibilização de informação para os múltiplos “clientes” de toda a rede.

A responsabilidade institucional de ser um centro de acumulação, transformação e difusão do conhecimento avançado em cancro, bem como a garantia de tratamento adequado e liberdade de escolha informada são os valores subjacentes à realização do projeto ODISSEIA.

O projeto tem um prazo estimado de dois anos e um financiamento de 2 milhões de euros. O projeto ODISSEIA visa a criação de uma info-estrutura que estabelecerá as ferramentas básicas para uma governação da oncologia ao nível regional, em benefício dos doentes, da otimização de resposta do SNS e da sustentabilidade.

Ficha Técnica do Projeto

PROJECT: MindGap-Bridging the gap between Mind, Brain and Body: exosome role and monitoring

This study is funded by European commission: H2020-FETOPEN-01-2018-2019-2020 – FET-Open Challenging Current Thinking; RIA, Research and Innovation action; Proposal number 829040.

MindGAP aims to bridge the gap between MIND/BODY interactions and to develop a novel portable device to monitor the biomolecules involved in these interactions. MindGAP looks for sensitive health indicators among exosomes that circulated throughout the body and that may change under disease/health installation. To this end, the possibility of using MINDFULNESS meditation as a mind-related tool to control the cargo of exosomes is explored. If meditation is successful in changing the behaviour and attitudes of many people, it means that the exosomes cargo may be changed through this process. The obtained knowledge opens doors to an innovative device that may be used by everyone to understand his/her health status. To this end, MindGAP shall create an innovative and portable device that tracks exosomes

The project includes the participation of several researchers from the IPO-Porto ISEP (Instituto Superior de Engenharia do Porto, Portugal), VTT (Teknologian Tutkimuskeskus, Finland), UOULU (Oulu University, Finland), LNU (Linnaeus University, Sweden). IPO-Porto will be responsible for recruiting all participants for this study (patients who had cancer and blood donors), as well as to collect liquid biopsies/ blood and assess the effect of the psychological interventions on exosomes. 

Project : Risk Prediction in Endocervical adenocarcinoma: International Society of Gynecological Pathologists (ISGyP) Multi Centre Retrospective Observational Study

Aims: The principle research question is to determine if classification of endocervical adenocarcinoma as HPV-associated and non-HPV-associated predicts patient outcome, as assessed by recurrence-free and overall survival.

Project : Risk Prediction in Endocervical adenocarcinoma: International Society of Gynecological Pathologists (ISGyP) Multi Centre Retrospective Observational Study

Aims: The principle research question is to determine if classification of endocervical adenocarcinoma as HPV-associated and non-HPV-associated predicts patient outcome, as assessed by recurrence-free and overall survival.

Contact of local investigator: Carla Bartosch, Department of Pathology, Instituto Português de Oncologia do Porto, Rua António Bernardino de Almeida, 4200-072 Porto, Portugal, Phone: 225084000, ext: 7459, email: carla.bartosch@ipoporto.min-saude.pt

Contact of local investigator: Carla Bartosch, Department of Pathology, Instituto Português de Oncologia do Porto, Rua António Bernardino de Almeida, 4200-072 Porto, Portugal, Phone: 225084000, ext: 7459, email: carla.bartosch@ipoporto.min-saude.pt

Project: Implications of second allele alterations for mismatch repair protein deficiency screening 

Aims: Evaluate the mechanisms of second allele inactivation in Lynch syndrome associated tumors. Given the importance of MLH1 promoter methylation as an excluding parameter in Lynch syndrome screening algorithms, this project will determine the frequency of this alteration in a series of endometrial, ovarian and colorectal carcinomas of patients with MLH1 germline mutation. Additionally, the project will focus on Lynch syndrome patients with multiple primaries searching for differences  in  mismatch repair proteins  and  second  allele  alterations,  between  metachronous  and synchronous primary tumors. 

Contact of principal investigator: Carla Bartosch, Department of Pathology, Instituto Português de Oncologia do Porto, Rua António Bernardino de Almeida, 4200-072 Porto, Portugal, Phone: 225084000, ext: 7459, email: carla.bartosch@ipoporto.min-saude.pt 

PROJETO: IPO SEUR – Eficiência Energética e Energias Renováveis no Instituto Português de Oncologia do Porto

O projeto visa, através da implementação de um conjunto de medidas em sete áreas chave de consumo energético e conforto térmico do IPO Porto, promover o aumento da eficiência energética, a gestão inteligente de energia e a utilização das energias renováveis, de forma a alcançar desempenho energético A, apoiando, indubitavelmente, a transição para uma economia de baixo carbono no setor público do Estado.

Ficha Técnica do Projeto

Projeto: PRO-DOSE

O projeto visa o desenvolvimento de uma solução inovadora para colmatar a falta de equipamentos para controlo dosimétrico de tratamentos de radioterapia. A tecnologia PRO-DOSE permite um controlo in-vivo e em tempo real da dose de radiação entregue ao paciente durante os tratamentos de braquiterapia de mama e próstata, garantindo assim a máxima qualidade e eficácia dos mesmos. 

Ficha Técnica do Projeto 

Projeto: TeamUp4Cancer  

O consórcio Porto Comprehensive Cancer Centre (P.CCC), que integra o IPO do Porto e os Institutos IBMC, INEB, IPATIMUP e o i3S – Instituto e Investigação e Inovação em Saúde da Universidade do Porto, vai implementar o projeto “TeamUp4Cancer” na região Norte aprovado pelo NORTE 2020 no âmbito do Sistema de Apoio à Investigação Científica e Tecnológica (SAICT).

Este projeto de investigação pretende encurtar o ciclo de descoberta científica em cancro, aproximando a investigação básica e a prática clínica, através da aplicação de tecnologia de ponta e exploração de ensaios clínicos de fase precoce, procurando benefícios concretos para o doente oncológico e o desenvolvimento mais célere de novas armas terapêuticas contra o cancro.

Os parceiros visam desenvolver modelos experimentais in vitro para auxiliar no tratamento do doente, validar e explorar novos biomarcadores em tecidos tumorais, sangue e outras amostras de tecidos e acelerar estudos pré-clínicos, facilitando a transição para os estudos clínicos de fase inicial.

Ficha Técnica do Projeto